1917年毕业后,他被母校推荐赴日留学,进入静岗县兴津园艺试验场,专攻果树和蔬菜栽培,以及果蔬加工和贮藏试验场注重理论与实践结合,这段经历使他掌握了近代园艺知识回国后,他先后在东南大学和金陵大学执教,负责园艺学科的教学工作1927年起,吴耕民在浙江大学担任副教授教授和园艺系主任等职务。
毕生致力于园艺教育,参加创建我国首批高等院校园艺系,培养了我国几代园艺人才他运用近代园艺科学知识,调查整理我国果蔬生产经验,传播国内外园艺良种和栽培技术他对中国温带及亚热带果树的栽培造诣深厚,果树修剪的理论与技术尤为突出一生著作甚丰,著有果树园艺通论中国蔬菜栽培学。
吴耕民用他所编著的蔬菜园艺教材替换了美国学者汉考克Hencock在金陵大学农科兼课时所讲授的蔬菜园艺讲义1921年暑期,全国中等园艺学校教师和园艺研究人员集中在东南大学进行了为期一个月的业务培训,所用果树园艺蔬菜园艺花卉园艺和观赏树木的教材均由吴耕民编写他为创建中国第一所高等学校园艺系作出了巨大贡献1。
吴耕民,中国近代园艺教育的先驱,对中国高等园艺学的建设做出了重要贡献1921年,他作为东南大学园艺系的骨干教师,编纂了果树蔬菜花卉园艺等4本讲义,其中的蔬菜园艺教材甚至替代了美国学者汉考克的教材在东南大学的业务培训中,他主导了所有教材的编写,包括果树园艺蔬菜园艺等在浙江大学任教期间。
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